南京市疾病预防控制中心中心荣誉中心成立以来，先后连续被省委省政府、市委市政府授予2003-2004、2005-2006年度“文明单位”、2007-2009年度市级文明单位； 2001年被卫生部评为“全国消灭脊灰证实先进集体”、被市政府授予“第六届世界华商大会卫生保障有功单位”；2003年被授予省、市“非典防制工作先进集体”；2004年被市委市政府授予“创建国家卫生城市、创建国家环保模范城市先进单位”；2005年被十运会组委会授予“第十届全国城市运动会医疗卫生保障工作先进集体”；2007年被市卫生局授予“人禽流感防治工作先进集体”；2008年被市委市政府授予“南京市支援抗震救灾先进集体”、省总工会授予“江苏省五一劳动奖状”、市卫生局授予“手足口病防治工作先进集体”；2009年被江苏省卫生厅授予“全省疾病预防控制工作先进集体”
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