南京市疾病预防控制中心内设机构中心办公室协助中心领导组织、协调中心的各项工作，制定各项工作规范和规章制度，并组织开展调查研究工作，参与重要文稿和文件的草拟工作；负责会议组织、文、电处理、秘书事务、文印、机要保密、印信管理、档案管理、计算机管理等工作

党委办公室开展日常党务工作，负责对党员的教育管理、组织建设等工作；组织开展党风廉正建设等精神文明建设工作；负责统战工作，指导共青团工作

监察审计室组织开展职业道德教育、遵纪守法教育等工作，受理对违反有关行政纪律行为的投诉，以及开展中心内部各项审计和经济合同审定工作

人事科负责人事管理、劳动用工；负责工作人员的考核、聘任、调配、奖惩、定级、政审工作；负责专业技术人员的资格认定、职称评定工作；负责人事档案、个人业绩档案管理、工资及津贴管理工作

保卫科负责本单位安全保卫工作

离退休管理科负责离退休人员的管理工作

工会负责本单位工会工作

财务科负责财务管理和会计业务核算工作；负责单位经费预算编制和财务决算编报审核；负责各项财务制度的拟订和实施，并对执行情况进行日常检查和监督管理；负责单位收入和支出管理、资产管理、收费和票据管理、专项资金管理

物资设备科负责本单位仪器、设备、药品、试剂等的购置、配发与维修、管理；负责固定资产管理及办公用品购置与配发

总务科负责单位环境卫生及绿化管理；负责水电供应；承担房屋、水电、维修、车辆使用等后勤服务工作

基建科负责中心各项基础设施建设

科教科负责拟订本单位科技发展规划、计划，并组织实施；组织开展预防医学研究，负责科研项目管理；负责拟订预防医学教育和人才培养规划、计划，并组织实施；负责继续教育和进修人员管理；负责科研、培训档案管理；组织协调各类专业培训；负责图书资料订阅管理

健康教育科研究提出全市健康教育工作规划与实施方案，组织开展健康教育工作；负责健康教育图片、声像作品的制作、、出版工作

质量管理科负责组织管理体系文件的编制、审批、发放、修改和宣传贯彻；负责实验室认可的申请和认可后监督的相关工作；承担管理体系内部审核和管理评审的具体事项；负责日常质量监督、质量调查、分析和评价；受理客户投诉并组织调查、分析与处理；组织实验室进行质量控制活动；负责中心标准的信息管理

急性传染病防制科研究提出全市传染病的预防、控制规划和实施方案，负责全市的疫情管理、传染病监测、预防和控制；进行传染病疫情监测、预报和人群健康水平统计分析，并进行效果评价；参与公共卫生突发事件、不明原因疾病的调查，对传染病暴发等重大疫情、重大灾害进行紧急处理和控制

慢性传染病防制科研究提出全市结核病防制工作规划和实施方案，组织开展预防控制工作；组织进行结核病监测工作；进行发病分析及预测预报

性病艾滋病防制科研究提出全市性病、艾滋病的预防控制规划和实施方案，组织开展预防控制工作；组织进行性病、艾滋病的监测工作；进行发病分析及预测预报；参与性病、艾滋病重大疫情的紧急处置和控制

血地寄防制科拟定全市血地寄防预防控制规划和方案；进行疫情统计分析和预测预报；开展预防控制和达标考核、监测工作；指导区县开展预防控制工作，参与血吸虫病、疟疾等重大疫情的紧急处理和控制；组织开展血地寄防科研及推广运用

慢性非传染病防制科研究提出全市慢病的预防控制规划和实施方案；组织开展预防控制和发病监测工作；进行发病分析及预测预报；负责生命统计；指导区县开展慢病工作；负责学校卫生的预防及研究工作；拟订学生常见病的预防控制规划和措施

免疫规划科研究提出全市免疫工作规划和实施方案，负责组织实施预防接种，开展免疫针对疾病的预防控制；负责全市预防用生物制品（含一类、二类疫苗）的供应、管理工作，负责本单位冷链的管理

营养与食品卫生科开展膳食与营养的研究，负责营养促进工作；负责保障人群健康的食品卫生的预防及研究工作

环境卫生科开展饮用水、公共场所等环境卫生与健康的监测、预防及研究，负责环境危害的预防控制工作；开展鼠、蟑、蚊、蝇、蚤等病原媒介生物的种群分布调查与控制

职业卫生科开展职业危害因素监测、预防与控制性评价及研究，负责职业病预防控制工作；开展放射卫生与健康的监测、预防及研究，负责射线危害的预防控制工作

微生物检验科负责从业人员健康体检、健康相关产品、传染病的病原微生物的检验工作

理化检验科负责健康相关产品的理化检验工作

预防医学门诊部开展从业人员健康体检及健康证明的办理；开展二类疫苗的预防接种工作

皮肤病性病专科医院负责开展皮肤病、性病等疾病的诊疗工作；麻风病的防治工作

金山医院负责开展职业病诊断、治疗和职业病鉴定以及职业健康体检工作；负责开展血吸虫病的治疗工作

所获荣誉2020年11月，获得江苏省抗击新冠肺炎疫情先进集体表彰

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