应用生态学报影响因子据中国科学技术信息研究所发布的《2016年版.中国科技期刊引证报告（核心版）》，《应用生态学报》2015年影响因子为1.785，在生态学类期刊中排名第1位
据2018年4月中国知网显示，《应用生态学报》总被下载3879263次、总被引325387次、（2017版）复合影响因子为3.267、（2017版）综合影响因子为2.166
据2018年4月万方数据显示，《应用生态学报》2015年影响因子为2.11，载文量为8225，被引量为239761，下载量为248695
2015年影响因子排名为全部统计源期刊（6735种）第156名；生物科学（93种）第3名
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