北京中医药大学学报荣誉表彰1989年获中国高等医药学院校学报质量优秀学报一等奖；1990年获北京高等学校自然科学学报优秀质量一等奖；1995年获北京市高校系统自然科学学报优秀学报一等奖；1995年获中国国家中医药管理局颁发的全国中医药优秀期刊二等奖；1996年获中共中央宣传部、中国国家科学技术委员会、中国新闻出版署颁发的全国优秀科技期刊三等奖；2000年获中国国家中医药管理局颁发的全国中医药优秀期刊一等奖；2004年获中国高校优秀科技期刊二等奖；2005、2008年两次获得中国高校科技期刊先进集体称号；2006、2008、2010、2012年4次被中国教育部科技司评为中国高校精品科技期刊；2009年获得中国高等学校自然科学学报研究会评比的“全国高校科技期刊优秀质量奖”；2011年获中国教育部科技司颁发的中国高校科技期刊优秀团队称号；2008、2011、2014、2017年4次被中国科技信息研究所评为中国精品科技期刊，即 “中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”项目来源期刊；2012、2013、2014、2015、2016年5次被中国科技信息研究所评为百种中国杰出学术期刊 

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