南京农业大学学报影响因子据2018年11月16日中国知网显示，《南京农业大学学报》总被下载823247次、总被引20832次；（2018版）复合影响因子为1.354、（2018版）综合影响因子为1.000 

据2018年11月16日万方数据知识服务平台显示，《南京农业大学学报》被引量为32684、下载量为94360；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《南京农业大学学报》影响因子为1.402，在全部统计源期刊（6735种）中排第1174名，大学学报（农业科学）（39种）中排第8名 

据2017年《中国学术期刊影响因子年报》的统计结果显示，《南京农业大学学报》影响因子为1.133，比2016年增加了14.48 %，他引总引比为0.96，基金论文比0.97，总被引频次为4 396，WEB下载量为8.32万次

影响因子在学科96种期刊中排第11名，位于Q1区；期刊影响力指数（CI）在学科96种期刊中排第12位 

据2015年中国科学技术信息研究所发布的《中国科技期刊引证报告（核心版）》的统计结果，《南京农业大学学报》核心影响因子为1.056，较2014年上升0.263；核心总被引频次为1655，比2014年增加228次；综合评价总分在1989种期刊中排在第141位，排名比2014年上升109位

另据2015—2016年中国科学引文数据库（CSCD）核心库引证报告显示，《南京农业大学学报》位于农业科学的Q1区 

据2011年中国学术期刊影响因子年报统计结果显示，《南京农业大学学报》影响因子为1.323

据中国科学技术信息研究所2011年版《中国科技期刊引证报告（核心版）》的统计结果显示，《南京农业大学学报》各项学术指标综合排名在1998种统计源期刊中排第81位 

据2008年《中国科技期刊引证报告（核心版）》收录的1765种中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）的统计结果显示，《南京农业大学学报》影响因子为0.693（上一年是0.641），在全部1765种期刊中列第302位；总被引频次1208，在全部1765种期刊中列第292位；他引率0.95；基金论文比0.87；学科影响指标0.92 

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