中国地质调查局发展研究中心科研部门根据2020年12月中心官网显示，中国地质调查局发展研究中心有内设机构32个处（室、中心），其中设六个业务部门，共有23个处室，综合管理处室7个，其他处室2个
局网信办、局安全生产技术中心、局期刊管理中心挂靠发展研究中心设立
此外，中国矿业联合会全球地质矿产信息共享工作委员会、中国地质学会科技情报专业委员会、中国地质矿产经济学会青年分会、中国地理信息产业协会地质矿产信息工作委员会、中国自然辩证法研究会地学哲学委员会、中国自然资源学会资源产业专业委员会、中国地质学会地质资料研究分会等7个学术组织挂靠发展研究中心
省部级科研中心：国土资源部地质信息技术重点实验室、中国地质调查局地质信息化研究中心
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