中国农业机械化科学研究院集团有限公司开拓发展2000年10月，国务院办公厅批复原机械工业部第十设计研究院和机械工业部第三勘察研究院并入中国农机院
2000年，机械工业局批准在中国农机院建立“国家机械结构安全性与可靠性开放实验室”
2001年1月，中国包装与食品机械总公司整体并入中国农机院
2003年3月，国家科技部通过国家农业机械工程研究中心验收，并命名
2004年7月，国家发展和改革委员会批准组建机械工业食品机械标准化技术委员会，秘书处挂靠单位为中国农机院农副产品加工工程技术中心
2005年12月，国家科技部批复以中国农机院呼和浩特分院为依托单位，组建“国家草原畜牧业装备工程技术研究中心”
2006年12月，现代农装科技股份有限公司在深圳证券交易所正式挂牌，成为中关村“新三板”（中关村科技园区非上市股份有限公司代办股份转让系统）试点企业
2007年7月，国家科技部批准由中国农机院牵头，与行业7家骨干企业、4所著名院校、3家地方科研院所组建了农业装备产业技术创新战略联盟，共同开展行业共性、关键技术开发
2007年，国家科技部批准依托中国农机院建立“土壤植物机器系统技术国家重点实验室”，这是中国首批36个企业国家重点实验室之一
2008年1月，国家质量监督检验检疫总局、国家认证认可监督管理委员会批准在中国农机院建立“国家食品机械质量监督检验中心”
2008年4月，北京市教委批复该院“机械设计及理论”专业为北京市重点学科
2008年8月，国家农业部认定中国农机院中国包装和食品机械总公司为国家农产品加工装备技术研发分中心
2008年，国家科技部、国资委、中华全国总工会联合批准为首批国家创新型企业
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