江西省水利科学院科研部门据2018年7月研究院官网显示，研究院拥有7个科研团队，7个科研平台，设有院士工作站
水利部研究中心：水利部鄱阳湖水资源水生态环境研究中心省级重点实验室：江西省鄱阳湖水资源与环境重点实验室省级工程技术中心：江西省水工安全工程技术研究中心省级研究基地：鄱阳湖模型试验研究基地 省级科技创新团队：水资源综合调控与管理、农村水利、水工程安全与防灾减灾、水工模型试验研究、水生态环境保护与综合治理、水利信息化和水利发展战略研究 院研究所：信息与自动化研究所、生态研究所、水工程安全与灾害防治研究所、农村水利研究所、水资源水环境研究所、建筑与岩土研究所、河流湖泊研究所
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