重庆市微生物学会发展历史五年后召开了第二次会员代表大会，王世闻被选为第二届理事长

此后，学会一直挂靠在第三军医大学

在这两届理事长的领导下，学会组织健全，初具规模，学术活动频繁

在1965年至1975年期间，由于受文化大革命的影响，学会组织瘫痪，没有开展学术活动

直到1976年后学会逐渐恢复活动，1978年重庆微生物学会举行第三届会员代表大会，选举朱锡华为理事长，刘连珠为秘书长

1984年10月举行第四届会员代表大会，选举产生了20人的理事会，朱锡华连任理事长，李树华、蒋兴鼎、徐泽为副理事长，刘连珠连任秘书长

1987年1月学会召开第五届会员代表大会，选举产生了20人的理事会，朱锡华再连任理事长，李树华连任副理事长、张国政也被选为副理事长，朱德钟为秘书长

第6次会员代表大会于1993年5月在重庆医科大学召开，出席大会的代表有80人，选举了17人组成的理事会，俞树荣为理事长，张国政、胡宏为副理事长，汪正清为秘书长

学会下设医学、工业、农业三个专业委员会

近15年中，在历届理事会领导下学会不断发展壮大，凝聚全市微生物学、免疫学和寄生虫学的教学科研人员，开展了一系列高水平的学术活动

1997年重庆市成为直辖市后，重庆市微生物学会与四川省微生物学会从组织上完全分开

在俞树荣理事长为首的理事会领导下，学会承办了多次全国性的微生物学学术会议，定期组织学术年会，开展一系列科普宣传咨询活动和为民服务，发展了一大批从事微生物学工作的教学和科技人员加入学会，为微生物学会的新老交替做出了贡献

第7次会员代表大会于1998年12月在第三军医大学召开，这是重庆直辖之后，我市微生物学会贯彻落实党的十五大精神，推动微生物学教学科研全面迈向二十一世纪的一次盛会

出席大会的代表有120人，选举了27人组成理事会， 胡福泉教授为理事长，胡宏 教授、汪正清教授、 周泽杨教授和王豫林 教授当选为副理事长，汪正清 教授兼任秘书长

学会增设了畜牧兽医专业委员会

第七届理事会的理事中，45岁以下15名，占56%，具有高级职称的25名，占93%

平均年龄46岁

目前我会有会员近400人，分布在全市58个单位

2001年重庆微生物学会再次通过重庆市民政局的重新登记

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