上海海洋大学远洋渔业学院专业设置面对远洋渔业专业人才的多层次需求，上海海洋大学远洋渔业学院从不同的职业定位出发，为不同人员量身定做一年制职业技能培训、三年制专科、2+2本科、2+1专业学位硕士等四种培养模式
本科生采取2+2模式，主要培养高层次的远洋渔业管理人才、经营人才
到2016年12月为止，远洋渔业学院已毕业本科生5届，进入远洋渔业企业共37人，约总数的35.6%；已毕业硕士毕业生2届，进入远洋渔业企业共8人，约占总数的22.6%
一些留在远洋渔业企业工作的同学，在一些重要岗位进行锻炼，并作为远洋渔业事业的接班人培养
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