昆明医科大学学科建设截至2022年12月，学校有一级学科博士学位授权点5个，博士专业学位授权点2个，一级学科硕士学位授权点8个，硕士专业学位授权点6个，博士后科研流动站3个

临床医学、药理学与毒理学、神经科学与行为学3个学科进入ESI全球排名前1%

有省级一流学科6个、省级重点支持建设学科2个

 博士后科研流动站：临床医学、基础医学、药学学位授予一级学科博士学位授权点：基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学博士专业学位授权点：临床医学、口腔医学一级学科硕士学位授权点：基础医学、临床医学、口腔医学、公共与预防医学、药学、护理学、医学技术、生物学硕士专业学位授权点：临床医学、口腔医学、公共卫生、药学、护理、应用心理 重点学科云南省级一流学科（A类高峰学科）：临床医学（一级学科）云南省级一流学科（B类高峰学科）：康复医学（优势特色研究方向）、地方高发疾病防治（优势特色研究方向）、重大疾病防治的天然药物药理（优势特色研究方向）云南省级一流学科（A类高原学科）：基础医学（一级学科）、口腔医学（一级学科）、公共卫生与预防医学（一级学科）十一五”省级重点学科：临床医学（一类）、社会医学与卫生事业管理（二类）、口腔临床医学“十二五”省级重点建设学科（群）：医学临床与基础（优势特色建设学科群）、药学（重点建设学科）、生物学（重点建设学科）、护理系（重点建设学科） 

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