中国人民解放军军事科学院成立初期1958年1月25日，国防部批准军事科学院的组织规程，规定军事科学院直接隶属中央军委和国防部领导

3月15日，军事科学院正式成立，编制为大军区级，直属中央军委领导，由叶剑英元帅担任首任院长兼政治委员

为了加强军事科学院的建设，党中央、中央军委选调了一批功勋卓著的高级将领担任院领导，其中包括1955年中国人民解放军第一次授衔的粟裕、王树声两位大将，宋时轮、王新亭、杨至成、彭绍辉、钟期光、萧华、邓华、刘震等8位上将

 1959年1月，根据中央军委决定，由军事科学院在北京主持召开全军第一次科学研究工作会议，国防部长彭德怀、总参谋长黄克诚到会并作重要讲话

此后分别于1961年、1991年、1996年、2001年、2006年、2011年召开了第二至第七次全军军事科学研究工作会议

至1966年上半年，设有院办公室、政治部、院务部和战争理论、战术、战史、外国军事等4个研究部，以及军事技术直观教研馆，共有研究人员500余人

“文化大革命”开始后，军事科学院的建设遭到严重破坏，科研工作一度处于停顿状态

1969年11月，全院人员被裁减3/4，军事技术直观教研馆被撤销

1972年10月，重新调整编制，设办公室、政治部、战理部、战术部、战史部、外军部

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