福建省农业科学院建国之后1949年8月17日，福州解放，市军管会接管省农事试验总场、省植物病虫害防治所，沿用原名称

1950年11月，省农事试验总场改称福建省农业试验总场

1953年4月15日，福建省农业试验场改为福建省农业科学研究所，并将省植物病虫害防治所并入，设农艺、园艺、植保、土壤肥料四个系和农具试验厂，隶属福建省农业厅

1954年5月，省农业科学研究所改称福建省农业综合试验站，同时建立龙溪、建阳农业试验站和同安旱作实验站，隶属省农业综合试验站

10月，福安茶叶试验场改称福建省福安茶叶试验站

1956年，省农业综合试验站从福州东门外鹤林迁至闽侯城门谢村

1957年5月8日，省农业综合试验站恢复为福建省农业科学研究所

1958年9月25日，省农业科学研究所并入福建农学院

11月，所址从闽侯谢坑迁到福州梅峰，对外保留福建省农科所名称，对内将该所各系室与农学院相应的系合署办公

1959年秋，福建省农业科学研究所在福州梅峰举行建所十周年庆典

1960年4月，福建省农业科学研究所划归农业厅领导，迁回闽侯谢坑原址

7月8日，省委批转农业厅党组报告，同意将省农科所扩建为福建省农业科学院

8月，福建省农业科学院举行成立庆典

11月12日，省人民委员会批复，决定成立福建省农业科学院，隶属福建省政府农业委员会领导

下设农艺、土肥、植保、农业物理4个系，果树、茶叶、畜牧兽医、亚热带作物4个研究所，甘蔗麻类、蔬菜2个试验站和生理生化、科学情报2个研究室

1961年3月，省农科院畜牧组与省畜牧兽医总站合并，成立福建省畜牧兽医研究所

4月，省农科院所属亚热带作物研究所划归福建省农业厅领导

1963年7月24日，蔬菜试验站划归福州市领导，迁址福州东郊浦东

7月29日，该院所属的南平、晋江、龙溪、福安、龙岩、闽侯等6个专区农科所，改为双重领导体制，业务由该院统一安排，党的工作、行政工作分别由当地地委和行署领导

1969年11月，省农科院及大部分地市农科所被撤销，人员下放（其中40多位科技人员到兵团农二师，组建农科所，承担山区5县农业科研任务），研究基地、仪器设备和图书资料散失，土地、房屋交给福州炮兵部队，院属果树研究所改为福建省革命委员会机关“五·七”农场

院茶叶研究所和工业原料作物研究所分别下放福安、龙溪专署领导；各专署、市农业科学研究所全部下放各专署、市领导

1970年，组建福建省农业科学实验站，先设址闽侯江洋农场，后迁至省干校内，最后定址福州新店埔垱原果树研究所，下设育种、土肥、植保、果树、畜牧兽医5个组

1975年5月4日，恢复福建省农业科学院，将省农业科学实验站并入，设址福州新店埔垱村，下设稻麦、果树、茶叶、蔗麻、蚕桑、畜牧兽医6个研究所和土壤肥料、耕作轮作、植物保护3个研究室

各地市农科所相继恢复

1979年11月11日，中共福建省委批准成立中共福建省农业科学院委员会，福建省农科院自此成为福建省委、省政府直属事业单位

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