甘肃省农业科学院科研部门根据2017年11月机构官网显示，科学院下属14个研究所，在兰外设有3个试验场、3个专业试验站；有国家级与省部级工程中心（实验室）18个，有1个博士后科研工作站，9个农业部野外科学观测试验站和13个现代农业产业技术体系综合试验站，在全省不同生态类型区建有22个综合试验站

 国家级科研平台（4个）：国家农业技术转移示范平台、现代农业产业技术体系试验站、国家甲级资质工程咨询中心、国家绿色农业兰州研究中心农业部科研平台（8个）：农业部学科群野外科学观测实验站、国家油料改良中心胡麻分中心（农业部）、国家现代农业产业技术体系胡麻产业技术研发中心（农业部）、果品加工技术研发分中心（农业部）、农产品加工预警监测体系甘肃分中心（农业部）、国家大麦改良中心甘肃分中心（农业部）、西北作物抗旱栽培与耕作重点实验室（农业部）、农业部农产品质量安全风险评估实验室（兰州）（农业部）国家发改委科研平台（1个）：西北优势农作物新品种选育国家地方联合工程中心（国家发改委）科技部科研平台（1个）：国家技术转移示范机构（科技部）甘肃省科研平台（8个）：甘肃省油用胡麻工程技术研究中心（省科技厅）、甘肃省农产品贮藏加工工程技术研究中心（省科技厅）、甘肃省优势农作物种子工程研究中心（省发改委）、甘肃省旱作区水资源高效利用重点实验室（省科技厅）、甘肃省农业废弃物资源化利用工程实验室（省发改委）、甘肃省无公害农药工程实验室（省发改委）、甘肃省中药材种质改良与质量控制工程实验室（省发改委）、甘肃省小麦种质创新与品种改良工程实验室（省发改委） 下属研究所（14个）：作物研究所、马铃薯研究所、小麦研究所、旱地农业研究所、生物技术研究所、土壤肥料与节水农业研究所、蔬菜研究所、林果花卉研究所、植物保护研究所、农产品贮藏加工研究所、畜草与绿色农业研究所、农业质量标准与检测技术研究所、经济作物与啤酒原料研究所（加挂中药材研究所牌子）、农业经济与信息研究所 

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