中国中医科学院中药研究所科研部门根据2017年4月该所官网及相关资料显示，中国中医科学院中药研究所设有14个研究中心，拥有1个国家工程实验室，1个国家文物局重点科研基地，1个北京市重点实验室，5个国家中医药管理局三级中医药科研实验室，3个国家中医药管理局重点研究室，另有中药安全评价中心（GLP）和中药数据中心等2个科研创新部门

  研究中心：中国中医科学院青蒿素研究中心、雾化吸入制剂研究中心、中药理论与本草文献研究中心、生药研究中心、中药炮制研究中心、中药生物技术研究中心、生物力药理学研究中心、整合中药学研究中心、中药质量标准研究中心、中药制剂研究中心、中药药代动力学研究中心、中药药理研究中心、中药注射剂安全性研究中心、中药新药研发中心 国家工程实验室：中药质量控制技术国家工程实验室 国家文物局重点科研基地：中医药文物研究国家文物局重点科研基地 北京市重点实验室：中药鉴定与安全性检测评估北京市重点实验室 国家中医药管理局三级中医药科研实验室：中药制剂实验室、中药药理实验室、中药化学实验室、生药分子鉴定实验室、中药资源生态实验室 国家中医药管理局重点研究室：中药安全性评价与风险管理重点研究室、“道地药材生态遗传”重点研究室、中药过程控制技术重点研究室 

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