江苏第二师范学院科研机构截至2022年11月，学校有教育部国别研究中心1个、省级重点实验室1个、省级重点培育智库1个、省级高校哲学社会科学重点研究基地2个、省级科研团队1个、校内科研机构11个
省级重点实验室（1个）：江苏省生物功能分子重点实验室 省级重点培育智库（1个）：江苏教育现代化研究院 省级高校哲学社会科学重点研究基地（2个）：新时代师德教育中心、江苏区域文学与文化研究中心 省级科研团队（2个）：江苏区域文学与文化交叉研究、江苏学前卓越教师发展支持体系研究 校级科研机构（11个）：江苏区域文学与文化研究中心、数学与应用数学研究所、物理教育研究所、教师发展研究所、师德研究中心、水生生物研究所、课程与教学研究所、传统文化教育研究中心、车用新材料研究所、学前教育国际比较研究所、生物教育研究所
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