中国教育科学研究院科研部门截至2018年9月，中国教育科学研究院设有13个研究所，拥有教育科学出版社、音像出版社、国育教育科技发展中心、培训中心等院属企业；建有教育与经济人口社会发展决策模拟分析平台、教育调研平台和访问学者培养平台
院属研究所：教育发展与改革研究所、教育理论研究所、基础教育研究所、高等教育研究所、职业与继续教育研究所、课程教学研究所、教育督导评估研究所、教师发展研究所、德育与心理特教研究所、体育卫生艺术教育研究所、国际与比较教育研究所、教育信息与数据统计研究所、教育法治与教育标准研究所
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