中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所科研部门截至2016年9月，品资所设有11个研究室；建有2个农业部专业重点实验室、1个省级重点开放实验室、4个省部级工程技术研究中心、2个部级检测中心，1个农业科技“110”服务站、5个热区试验站
研究室：快繁与离体保存研究室、新品种保护与种子种苗检测研究室、草业研究室、畜牧研究室、木薯研究室、果树研究室、花卉研究室、蔬菜研究室、南药研究室、稻作研究室、资源共性技术研究室农业部专业重点实验室：木薯种质资源保护与利用重点实验室、华南作物基因资源与种质创制重点实验室 省级重点开放实验室：中巴联合蛋白质组学实验室省部级工程技术研究中心：海南省热带草业工程技术中心等
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