中国热带农业科学院农业机械研究所科研部门截至2017年11月，研究所建有国家级工程技术研究中心1个，农业部重点实验室1个，农业部中试基地1个，广东省工程技术研究中心1个，湛江市重点实验室1个，院级研究中心6个
国家级工程技术研究中心：国家重要热带作物工程技术研究中心-热带纤维研发部农业部重点实验室：农业部热带作物农业装备重点实验室农业部中试基地：农业部菠萝叶纤维加工处理中试基地广东省工程技术研究中心：广东省菠萝叶工程技术研究中心湛江市重点实验室：湛江市现代农业装备重点实验室院级研究中心：甘蔗生产机械研究中心、田间作业机械研究中心、农产品加工装备研究中心、农村能源装备研究中心、天然纤维装备与制品研究中心、海洋水产与畜牧机械研究中心
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