宜昌地质矿产研究所部门设置内设6个综合管理部门：所长办公室、党群工作处、人事教育处、财务处、科技外事处、离退休职工管理处
4个二级部门：地质调查部、中南地质信息资料中心、中南矿产资源监督检测中心、科地实业总公司
其中地质调查部下设地质调查管理处与4个业务研究室：基础地质调查研究室、矿产资源评价室、环境地质调查研究室、地层古生物及油气资源调查研究室
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