广东省微生物研究所科研部门根据2017年1月研究所官网显示，广东省微生物研究所建设有国家级重点实验室1个，广东省级重点实验室2个，广东省研究中心1个，所级研究发展中心5个；建有真菌标本馆1个，野外台站1个；此外，该所主持搭建了广东省食品安全检测与评价科技创新平台，参与了广东省材料检测与评价科技创新平台建设

由国家发改委立项建设的“广州国家生物产业基地生物新技术及产品研究开发和测试公共实验中心”和“广州化学品生态环境安全评价服务中心”均于2011年建成运行

广东省微生物学会、广东省食用菌行业协会、广东省生物技术生产力促进中心挂靠在该所

 国家级重点实验室（1个）：华南应用微生物国家重点实验室  广东省级重点实验室（2个）：广东省菌种保藏与应用重点实验室、广东省微生物应用新技术公共实验室 广东省研究中心（1个）：广东省微生物菌种保藏中心（广东省微生物种质资源库）  国家级公共实验中心（1个）：广州国家生物产业基地生物新技术及产品研究开发和测试公共实验中心 市级评价服务中心（1个）：广州化学品生态环境安全评价服务中心  所级研究发展中心（5个）：华南微生物资源中心、环境微生物工程中心、微生物检测新技术中心、微生物工程研究发展中心、食用菌技术研发中心  真菌标本馆（1个）：广东省微生物研究所真菌标本馆 野外台站（1个）：广东省微生物研究所车八岭真菌资源研究站 学术组织（3个）：广东省微生物学会 、广东省食用菌行业协会 、广东省生物技术生产力促进中心 

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