自然资源部第二海洋研究所科研成果据2019年2月研究所官网资料显示，海洋二所先后承担了973计划项目、863计划项目、支撑计划项目、基础性研究计划项目、科技部攻关项目、国家基金（包括重大基金、重点基金、杰出青年基金、优秀青年基金等）、省部级基金项目等多项
承担了国家大洋专项大洋矿产资源勘查与研究项目、外大陆架调查与研究、近海海洋环境调查与评价专项、全球变化与海气相互作用专项、海洋公益性行业科研专项、中德南海大陆边缘地球科学联合研究等国家专项和国际合作项目
国家科技进步奖特等奖：中国载人航天工程
国家科学技术进步二等奖：中国海大陆架划界关键技术研究及应用、南海及周边地区遥感综合监测与决策支持分析、近海复杂水体环境的卫星遥感关键技术研究及应用、Argo大洋观测与资料同化及其对我国短期气候预测的改进、深海浅地层岩芯取样钻机系列及其勘探工艺
名单为2000年至2017年
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