中国水产科学研究院东海水产研究所研究部门据2018年1月研究所官网显示，研究所拥有2个农业农村部重点实验室、1个农业农村部野外台站、2个农业农村部质量监督检验测试中心、1个农业农村部风险评估实验室、1个农业农村部生态环境检测中心、2个中国水产科学研究院重点实验室、2个中国水产科学研究院工程技术研究中心；参与了国家渔业科技创新联盟、联合发起南极磷虾产业科技创新联盟、牵头成立海洋渔业资源捕捞与养护产业技术创新战略联盟；设有科研部门9个、4个试验基地

 农业农村部重点实验室：农业农村部远洋与极地渔业创新重点实验室、农业农村部东海渔业资源开发利用重点实验室农业农村部野外台站：农业农村部东海与长江口渔业资源环境科学观测实验站农业农村部质量监督检验测试中心：农业农村部水产品质量监督检验测试中心（上海）、农业农村部绳索网具产品质量监督检验测试中心农业农村部风险评估实验室：农业农村部水产品质量安全风险评估实验室（上海）农业农村部生态环境检测中心：农业农村部东海区渔业生态环境检测中心中国水产科学研究院重点实验室：中国水产科学研究院渔业资源遥感信息技术重点实验室、中国水产科学研究院长江口渔业生态重点实验室中国水产科学研究院工程技术研究中心：中国水产科学研究院盐碱水域渔业工程技术研究中心（上海）、中国水产科学研究院海洋捕捞工程技术研究中心研究所科研部门：捕捞与渔业工程实验室、水产养殖技术实验室、渔业生态环境实验室、水产品质量安全与加工实验室、渔业资源实验室、渔业遥感信息技术实验室、遗传育种与生物技术实验室、河口渔业实验室、信息与战略研究中心研究所试验基地：海南琼海研究中心、福建福鼎研究中心、江苏赣榆试验基地、浙江宁海试验基地

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