中国科学院合肥智能机械研究所学科建设截至2013年9月，研究所具有一级学科硕士学位点3个、二级学科硕士学位点11个、专业硕士学位点1个
据2016年12月研究所官网显示，智能所具有1个一级学科博士点、二级学科博士学位点4个一级学科博士学位点：模式识别与智能系统二级学科博士学位点：检测技术与自动化装置、精密仪器与机械、信息获取与控制、生物信息学一级学科硕士学位点：模式识别与智能系统、仪器科学与技术、化学 二级学科硕士学位点：检测技术与自动化装置、模式识别与智能系统、信息获取与控制、光机电一体化、精密仪器及机械、测试计量技术及仪器、无机化学、分析化学、有机化学、材料物理与化学、高分子化学与物理 专业硕士学位点：控制工程
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