农业农村部南京农业机械化研究所科研部门根据2020年4月研究所官网显示，农业农村部南京农业机械化研究所拥有8个科技创新中心，2个实验室；1个农业部重点开发实验室；1个中国农科院重点开发实验室，1个农业部工程技术中心，1个江苏省工程技术研究中心，1个中国农业科学院工程技术中心，1个南京市工程技术研究中心，1个中国农业科学院观测试验站

 农业部重点开发实验室：农业部农业机械重点开放实验室中国农业科学院重点开发实验室：中国农业科学院农业机械重点开放实验室农业部工程技术中心：农业部南方种子加工工程技术中心江苏省工程技术研究中心：江苏省农作物机械化收获装备工程技术研究中心中国农业科学院工程技术中心：中国农业科学院农业工程技术中心南京市工程技术研究中心：南京市农业机械工程技术研究中心中国农业科学院观测试验站：中国农业科学院农业机械野外科学观测试验站所属科技创新中心：主要农作物生产装备工程技术中心、农业资源开发与设施农业工程技术中心、农副产品加工工程技术中心、植保与环境工程技术中心、农机化发展研究中心、特色经济作物生产装备工程技术中心、农机质量控制与检测中心和农业工程规划设计中心所属实验室：油菜机械功能实验室、花生机械功能实验室 

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