江苏省海洋水产研究所科研平台据2019年4月研究所官网资料显示，研究所设有业务研究室7个，直属科研基地1个，研发中心4个，重点实验室2个，公益服务体系机构3个，专项技术推广、服务点2个（分别位于海安县和赣榆县）
业务研究室：海洋渔业资源研究室、海洋生态与环境研究室、养殖技术研究室、海洋生物技术研究室、国家级紫菜种质库、江苏省文蛤良种场、海洋滩涂生物研究室
直属科研基地：江苏省海水增养殖技术及种苗中心（位于启东市吕四港镇，为省级工程技术中心）
研发中心：江苏省海洋经济贝类研究开发中心、江苏省条斑紫菜种质研究开发中心、江苏省海水养殖鱼类研究开发中心、江苏省海洋渔业减灾防灾研究开发中心
重点实验室：江苏省海洋生物资源与生态重点实验室、江苏省海水鱼类遗传育种重点实验室
公益服务体系机构：东海区渔业资源动态监测网江苏监测站、东海区渔业生态环境动态监测网江苏监测站、农业部渔业行业职业技能江苏鉴定站
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