中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所合并建所1998年5月，根据《中国林科院改革与发展总体方案》，森林生态环境研究所和森林保护研究所合并成立中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所
1999年，根据国家林业局林人发68号文件，森林生态环境与保护研究所定级为副司局级单位，2005年林人发199号
2005年，根据中央机构编制委员会办公室批复，中央编办复字143号文件，森林生态环境与保护研究所正式成为独立法人单位
2022年9月5日，成为国家林业和草原局森林认证国家创新联盟第一届联盟理事长单位和秘书处所在单位
2023年4月3日，中国林业科学研究院森林生态环境与自然保护研究所携手无锡太科园（新安街道）大溪港湿地公园共建的江苏省首个“昆虫多样性监测研究科普基地”正式揭牌
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