四川农业大学小麦研究所科研部门根据2023年2月四川农业大学小麦研究所官网显示，研究所组建7个实验室和崇州基地管理办公室；此外，还是“西南作物基因资源发掘与利用国家重点实验室”、“作物基因资源与遗传育种”教育部国际合作联合实验室的组成单位
实验室&基地名单：分子生物学实验室、基因工程实验室、种质资源与材料创新实验室、种质资源库及标本室、细胞遗传实验室、品质遗传与分析实验室、小麦育种室、崇州基地管理办公室
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