学科门类第二阶段：1990-1995年针对最初1983年《试行草案》出现的各种弊端，国务院学位委员会做出了修订与调整《试行草案》的决定

在1990年10月国务院学位委员会第九次会议正式批准的《授予博士、硕士学位和培养研究生的学科、专业目录》（简称《专业目录》）

专业目录是国务院学位委员会学科评议组审核授予学位的专业范围划分的依据；同时，学位授予单位按此专业目录中各专业所归属的学科门类，授予相应的学位

培养研究生的高等学校和科研机构，以及各有关主管部门，可以参照此专业目录拟订培养研究生的规划，进行招生和培养工作

与1983版《试行草案》相比，1990版各学科门类专业种数的调整情况是：哲学由10种减少到9种；经济学由24种增加到27种；法学由37种增加到39种；教育学由34种减少到33种；文学由51种减少到44种；历史学由13种增加到14种；理学由88种减少到86种；工学由234种减少到216种；农学由59种减少到47种；医学由88种减少到76种

此外，新增加的军事学门类有29种专业

这样专业目录共有专业620种，专业范围大体相当于二级学科

1990版《专业目录》共设置了11个学科门类（含1983年增设军事学门类），72个一级学科（含1985年增设军事学专业）和644个专业/二级学科

随着我国由计划经济向社会主义市场经济体制的转变、高等教育管理体制改革以及学位与研究生教育改革的不断深化，当时现行专业目录已不能完全适应发展的需要，主要问题是一级学科设置不规范二级学科划分过细，学科面偏窄等

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