贵州省卫生发展研究院主要部门研究院下设10个中心(卫生战略发展研究中心、卫生政策与项目咨询评估中心、基层卫生发展研究中心、卫生人力资源研究中心、基本医疗保障研究中心、医院管理与发展研究中心、卫生管理信息研究中心、药物政策研究中心、高等医学教育研究中心、卫生管理干部培训中心)和1个行政办公室
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