中国食品发酵工业研究院机构概览据2017年8月研究院官网显示，研究院设有9个研究发展部，开设传统食品代谢机理实验室、稳定同位素食品分析实验室、分子生物学评价实验室、电子仿生评价和功能性评价等专业实验室；拥有2个独资子公司、1个控股子公司
研究发展部：食品工程研究发展部、发酵工程研究发展部、传统发酵（酿酒）工程研究发展部、食品安全研究发展部、标准信息研究发展部、功能肽产业化研究发展部、国际合作与贸易部、特殊医用配方食品合作研究开发中心、技术产品服务部独资子公司：北京东光兴业科技发展有限公司、北京食发科贸有限公司、发酵行业生产力促进中心 控股子公司：广东中食营科生物科技有限公司
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