城南书院著名校友张栻逝世（1180年）后一百来年，随着南宋的崩溃，曾经盛极一时的城南书院，在元代成了僧寺

到了明朝，又经历了几度兴废

正德二年（1507年），参议吴世忠，学道陈凤梧协谋进行了修复

后并入吉王府

嘉靖四十二年（1563年），推官翟台“作堂三楹”，再次进行了修复

万历六年（1578年）复废

城南书院在明朝虽经两次修缮，但规模缩小了

至清康熙年间，屡次修复，但艰于集资，未能实施

乾隆十年（1745年）巡抚杨锡绂迁于城南天心阁下旧部司衙门旧址

嘉庆二十五年（1820年），巡抚左杏庄以该地喧闹，不利研读，奏获“谕旨”，在妙高峰故地按照城南书院原貌大规模复建，道光二年（1822年）冬落成

同时，为纪念张栻，在妙高峰上增建了“南轩夫子祠”（今一师图书馆所在地），祠前建“文星阁”

对此，道光皇帝给予了“嘉奖”，亲书“丽泽风长”四字匾额榜于讲堂

后巡抚嵩莲航制订了学院章程

寂然五百多年的城南书院又成了湖南的最大书院之一

《城南书院志》中有这样的记载：“城南之肇自有宋，与岳麓先 相等，其隔江对峙，各藉先贤之声以俱永，亦遥遥相望

”继南宋著名理学家张栻、朱熹之后，湘中一些知名之士如陈本钦、孙鼎臣、何绍基、王先谦、郭嵩焘等，都先后在这里任过主讲

湘中大儒李元度、左宗棠、民主革命家黄兴、陈天华、著名教育家杨昌济、谭云山、杨毓麟以及知名之士邓辅纶、樊锥、杨端六、皮宗石、文斐亦藏修于此

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