上海市教育考试院机构设置党委办公室：具体负责全院党的建设、精神文明建设、宣传思想工作、组织工作、纪检监察工作、统战工作、工会、妇委会及青年工作、老干部及离退休工作、文化建设等

院办公室：协调院内行政事务；编制事业发展规划；负责人事、外事工作；负责文件收发、文稿校核、信息发布、来访接待

高等学校招生办公室：综合管理本市普通高校的考试、招生录取工作；行使教育行政主管部门政策制定后的操作执行职能，对区高招办进行业务指导，对高校招生工作实行全程业务的管理和监督

中等学校招生办公室：指导、协调本市初中毕业生统一学业考试的考务和招生录取工作；对区中招办和招生学校进行招生业务指导及统筹协调工作

负责学业水平考试的考务工作

社会考试办公室：综合管理本市研究生招生和成人高校的考试、招生录取工作；承担教育部、市教委及有关部门交办或委托的各类非学历证书考试；负责对相关考点进行业务管理

高等教育自学考试办公室：行使省市级自学考试办公室职能，综合管理本市高等教育自学考试工作

承担全国考委统筹安排的试卷命制，以及市统考试卷命制

命题办公室：负责本市高考、中考、“三校生”高考、高中及中职校学业水平考试等主要教育招生考试的命题工作

教育招生考试研究所：承担并组织相关科研项目的研究与立项评审、科研成果的管理工作；编发教育招生考试的学术书刊和研究资料；开展与境内外考试机构的合作研究和学术交流

网络信息中心：负责全院的计算机网络和办公自动化工作；管理考试院网站；落实院信息化建设的各项任务

后勤保障中心：负责物资采购管理，提供后勤保障和院区管理；执行财务制度，负责全院财务管理、会计核算、预决算编制和财务分析，以及各类考试收费立项的申报

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