南京博物院宣传出版建院以来，南京博物院主持编撰了文博、考古图书百余部

其中20世纪30年代曾昭燏、李济的著述《博物馆学》奠定了中国博物馆学的基础

近年来，每年公开发表的专著和论文多达150余种（篇），“南京博物院珍藏大系”、“南京博物院学人文集”、“南京博物院文物保护科技丛书”等按计划陆续出版，基本形成了考古发掘报告、文保工程报告、学术专著、文物图录（册页）、研究性杂志以及部门年鉴在内的宣传出版体系

编撰出版的《南京博物院藏宝录》、《新沂花厅——新石期时代遗址发掘报告》、《南京博物院文物博物馆考古文集》、《中国清代官窑瓷器》、《南京博物院藏名画欣赏》、《南京博物院藏明清肖像画》 、《吴文化国际学术研讨会论文集》等都受到学界好评

 在抗日战争内迁西南期间，一批著名专家云集于此，如李济、吴金鼎、夏鼐、曾昭橘、王天木等

进行考古发掘、民族调查，南京博物院还出版《南京附近考古报告》、《华东新石器时代遗址》、《沂南汉画像石墓发掘报告》、《南京博物院院藏古画选集》、《南唐二陵发掘报告》、《扬州八家画集》、《江苏省出土文物选集》、《苏州砖刻》、《南京博物院藏画集》、《江苏彩陶》、《江苏六朝青瓷》、《六朝艺术》、《南朝陵墓石刻》、《太平天国壁画》、《南京博物院》、《云南苍洱境考古报告》、《么些象形文字字典》等数十种图册、专著及《南京博物院集刊》、《东南文化》等刊物

江苏省博物馆学会、考古学会、民俗学会、吴文化学会挂靠南京博物院，并开展了“长江下游史前文化研究”、“红楼梦研究”、“吴文化研究”等活动

学会合办的《文博通讯》演变为公开发行的《东南文化》杂志，是文博、考古及文化遗产保护领域重要的学术核心期刊，入列“中国期刊方阵”的“双效”刊物、江苏10种优秀社科杂志

进入21世纪以来，南京博物院立足江苏，放眼全国，主办或承办的陈列艺术、考古发掘、文物保护、博物馆资源数字化等一系列学术活动强化了与社会各界的沟通交流和学习借鉴

此外，还在古建筑研究、大遗址保护、古代艺术研究、非物质文化遗产传承等方面承担了各级科研课题和项目

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