中国近代史遗址博物馆建筑布局博物馆经过精心的规划和五年的建设，至2003年已初具规模
博物馆总占地面积为9万平方米
景区占地面积约9万平方米，保存有较为完整、风格迥异的近现代建筑遗存，有中式官衙建筑、中式园林建筑、西式建筑以及民国公共建筑等，著名碑碣散布其间
共分三个参观区域，中区（中轴线）主要是国民政府、总统府及所属机构；西区是孙中山的临时大总统办公室、秘书处和西花园，以及参谋本部等；东区主要是行政院旧址、马厩和东花园
一系列展馆和史料陈列，则分布在这三个区域中
博物馆东起东箭道，西至太平北路，南起长江路，北至长江后街，占地面积约十万平方米
有国民政府和‘’总统府旧址‘’、孙中山临时大总统办公旧址、近代史通史馆、临时展览馆、煦园、旅游接待服务区、科研行政办公区七大功能区，建筑面积五万平方米
中部以原国民政府和总统府原址为主线，东部以清代两江总督署、太平天国天朝宫殿和原国民政府行政院为主线，西部则以孙中山临时大总统办公室为主线
遗址博物馆的建筑汇集了清末、太平天国、中华民国时期的不同风格，建筑搭配和谐，独具韵味
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