东亚同文书院书院起源明治维新后的日本在与西方的接触和交往中，逐渐认识和了解了西方文明，特别是中国被英国打败后，“以鸦片战争为契机，(日本人)对英国日趋关心

因为英国击败了自古以来被日本奉为楷模的中国”

更深刻体会到科学技术和现代机器的巨大现实力

1862年日本的幕吏、藩士、商人乘“千岁丸”到上海，亲历中国社会，看到的是一个内忧外患交迫、民不聊生的破落国家，与往昔从书本上获得的“天朝”印象形成巨大的反差

明治维新之后，来华访问的日本学者、商人、政客、军人络绎不绝，通过对中国的考察，日本人的中国观已由崇仰转为鄙薄

1874年发生日本侵台事件后，日本人对中国大陆更加关注，深感中国问题不能忽视，开始组织社团研究中国问题

最早成立的社团是“振亚社”，首倡者是大久保利通，该社无具体章程

“振亚社”成立不久，因大久保利通被暗杀而解散

1880年继承了“振亚社”的“兴亚会”成立，该会附设学校，招收日本学生，专授中国语文，在该校肄业的学生达100多人，其中著名的川岛浪速、小田切万寿之助等人在明治中期以后，成为中日外交界或财经界颇为活跃的人物

“兴亚会”1900年并入东亚同文会

十九世纪八、九十年代，13本兴起了一股“脱亚人欧”的思潮，代表人物是福泽谕吉

此时的日本不仅热衷于欧美问题，而且认为关心中国的人是迂腐之人

日本陆军大臣大山严就持这样的看法

当东亚同文书院的创办人荒尾精向大山严陈述赴华志向时，大山严对荒尾的行为极不理解，“一般俊杰都争先前往欧美留学，你为何急着到那落后的清国去”

荒尾回答说，“就是因为大家都陶醉于欧美，而对清国却不屑一顾，才想到清国去”

大山岩又问：“你去清国的目的何在?”荒尾精回答说：“取得中国好好统治它

”这典型地反映了日本人对欧美的崇拜和对中国的野心

与“脱亚论”兴起的同时，在一部分对中国有野心的日本人中出现了“兴亚论”，他们以复兴亚洲与欧美抗衡为目标，其要领在于以日本作盟主，将三国连在一起，藉此扩大日本的防卫线，最终目的是寄希望清国成为日本的“西部屏障”

中法战争爆发后，日本形成新的对清认识，他们从日本自存、经济发展的角度重新审视中日两国的关系，认为应该重视中国，将中国变成日本发展的好市场，以中国养日本的实力

这些经略中国的人物还亲自到中国实践他们的理论

1884年8月7日，日本自由民权家中江兆民、末广重恭、植木枝盛等人在上海创办了东洋学馆，这是日本在上海，也是在中国创办的最早的培养日本人的学校

该学馆到1885年9月关闭

尽管学馆存在的时间短，招收的学生又很少，只有十几名

但该学馆培养的学生在中法战争及以日本对中活动中均发挥了很大的作用，日后不仅成为东亚同文会的骨干，而且在汉口乐善堂、日清贸易研究所、东亚同文书院等在中国的文化教育活动中均成为中心人物

1886年，受参谋本部的派遣，荒尾精带着特殊任务到汉口，在得到了早期经略中国的岸田吟香的资助后，开办汉口乐善堂，网罗日本在中国各自为战的大陆浪人，组织了第一个日本在中国的谍报机构

汉口乐善堂人士在中国进行了大量的调查活动，其调查报告于1892年由根津一等人成《清国通商总览》一书，共两编三册2300多页

该书不仅是日本最早有组织的集体调查的成果，也是日本以实际调查所得资料将中国社会、政治、经济等问题加以综合整理公诸于世的最初文献

该书“问世之后，使世人因而了解了老大帝国的实情，有识之士莫不感奋”的赞誉

1890年荒尾精得到日本政府的资助后，在上海创办了日清贸易研究所，培养所谓的“中国通”，这些学生在随后的甲午战争中，或搜集中国的情报，或作随军翻译，致使该所有好像专为中日战争而设之概

甲午战争后，日本从中国得到很多的利益，但是，三国干涉还辽给日本以很大的震动，尤其是俄国势力在辽东半岛的伸张，以及德国插手山东半岛，进一步引起日本检讨东亚局势问题

因此，甲午战后在日本兴起了中国问题研究热，像日本的帝国大学、早稻田专门学校的学生对中国问题感兴趣的都不在少数

早稻田专门学校的有志之士，与有同样爱好的学生，结成时事研究会，邀请参谋本部的福岛安正、宇都宫太郎、田村怡与造等人讲述中国时事

在研究中国问题时，热心中国事物的人士组织了许多有关的”兴亚”的组织团体、机构

1897年春，长期对党派活动非常积极的犬养毅，聚集了明治中期新闻界的重要人物，如陆羯南、三宅雪岭、志贺重昂、池部吉太郎以及政治家议员平冈浩太郎、江藤新作和中国留学生的积极分子井上雅二组成东亚会，其主要目的是研究中国当前形势，发表他们的看法

在东亚会成立的同时，1897年井手三郎代表旅日华侨中的有志之士，谒见近卫，告以为了启迪中国人，拟筹组匡救东亚时局的机关，意欲敦请近卫为首领

当时倡议的人计有岸田吟香、宗方小太郎等人，而与近卫笃磨有密切关系的陆实、池边吉太郎、大内畅三等也都参加，另外长冈护美、犬养毅、佐佐友房也参与过来

1898年6月，成立了以近卫为首的同文会

东亚同文会是由“东亚会”和“兴亚会”两个团体合并而成的

由于两会的会员相互交错，关系密切，按照大隈内阁的要求，经反复磋商，于1898年11月2日正式合并，更名为东亚同文会

从1899年开始，东亚同文会每年从外务省机密费中获得4万日元津贴，同时外务省要求东亚同文会忠实地向外务省汇报情况和报告，使该会成为20世纪初20多年间日本对中国进行研究及文化事业最重要的机构

1899年春，东亚同文会召开春季大会，制订了四项建会纲领：“支那保全”；扶助支那及朝鲜的改善；研究中国及朝鲜时事，以期行动；唤起日本国内社会舆论

1899年10月，时任两江总督的刘坤一在南京会见了从欧美各国巡游回国、途径上海的近卫笃磨

在近卫到来之前，刘坤一已经会见过日本参谋本部的人，尤其是1899年4月，刘坤一在南京与福岛安正会晤后，希望雇请日籍教师及专家来华，以图在军事、矿务及工业等方面实现现代化

因此，近卫的设想和刘坤一的一拍即合

同年12月，刘坤一会晤了日本驻上海总领事小田切万寿之助和东亚同文会的代表，决定正式成立南京同文书院

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