水稻基因组计划生物信息学生物信息学的主要研究内容是生物数据库及生物信息分析，随着各种模式生物基因组计划的实施，生物数据库数量持续增长，数据库结构更复杂，大量新的分析方法被提出和改进，大量重要基因被发现；大量来自基因组水平上的分析比较结果被公布，这些结果正在日益改变人类已有的一些观念
各种数据库中具有生物联系的内容能连接到一起，实现生物信息资源共享
DNA数据库是公共生物数据库中最大的一类数据库，包含大量已知功能和未知功能的DNA系列
中国水稻功能基因组项目也构建了一个综合的水稻基因信息数据库，包含了国内外相关的水稻插入突变体、TAC末端序列和ESTs序列，可为进一步研究新基因的功能提供更多有价值的信息
生物信息学已广泛用于基因组和蛋白质组的研究，但是，随着大多数基因和蛋白质功能的阐明，将会出现一个新的发展前景，这就是在计算机上模拟细胞内部和机体内部的生化代谢过程，甚至模拟进化 的历程，这将使生物学真正进入理论生物学的新时期
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