水稻基因组计划研究成果传统水稻育种的成功主要依赖于一系列优异基因（如矮秆基因、抗病和细胞质雄性不育基因）的发掘和利用，功能基因组发现的新基因也将大大促进水稻新品种的选育
通过水稻基因组序列比较分析和多态性鉴定，发现了品种之间的序列差异，而这些差异与表型差异一致
重要的是，利用这些差异将为分子标记辅助育种提供一个前所未有的机会
5万～6万个左右水稻基因的功能注释完成以后，对植物界有普遍意义
已利用遗传工程将单个或多个目的基因导入水稻栽培品种，改良作物某些性状
科学家们可以利用“分子设计育种”，只要在屏幕上触摸任何发育阶段的水稻细胞就能看到所有表达的蛋白质以及它们之间的相互作用，在电脑上制定出“保护水稻整个生命周期一切活动所需的最佳基因”研究方案
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