水稻基因组计划基因组信息基因组（genome）包含了生物的进化、遗传和生命的奥秘，是细胞遗传物质的总和，其大小通常以其全部DNA碱基对总数来表示
水稻基因组有12条染色体，第1染色体最长，第10染色体最短；核基因组序列总长约430Mb，是拟南芥基因组的3.7倍或人类基因组的1/6.7，预测基因总数达32000～56000个，可能多于人类基因总数
籼稻是亚洲和世界其他一些地方广为种植的主要水稻亚种，同时也是中国杂交水稻的主要遗传背景之一，为解决中国人民的粮食问题作出了巨大贡献
籼稻93-11基因组框架图，共完成462万个成功反应，得到了127550个重叠群，覆盖深度为4.2×，预测基因组长466Mb，实测的全长非冗余序列为409.76Mb，大约覆盖了水稻全基因组的95.29%，碱基准确率大于99%；估计基因的大小为4500bp，预测基因数为4.6～5.6万个，拷贝基因占基因总数的74%，转位因子占全基因组的24.9%，简单重复序列数为全基因组的2.1%；基因内GC含量的梯度明显；外显子变异少、内含子变化大；水稻与玉米、小麦和大麦之间有广泛的共线性，但水稻与拟南芥的共线性是有限的
这些序列还贮存在日本、欧洲和美国的DNA公共数据库中（DDBI/EMBL/GenBank），项目记录的代码为AAAA00000000，版本号AAAA01000000
粳稻是适宜于温带地区种植的另一类栽培稻亚种，籼稻和粳稻两个亚种大约于200～300万年前在进化中产生分离，两者不同的基因组比例达22%以上
日本晴（Nipponbare)基因组框架图，共完成550万个成功反应，得到了42109个重叠群，覆盖深度大于6×；覆盖率为93%；非冗余序列为389809244bp，碱基准确率大于99.99%，GC含量达44%；预测基因数为3.2～5.0万个，拷贝基因占基因总数的77%；转位因子4220个，简单重复序列数为46666个；参照拟南芥的功能分类法，从抗病性、花时和花发育特性、新陈代谢、磷的转运子和转录因子等方面进行了基因功能分类
这套粳稻基因组框架图被简称为Syd(Syngentadraftsequence
第1染色体的预测长度达51.4Mb，约占水稻图1水稻基因功能分类碱基总数的1/10
其中短臂序列长493729bp，约6756个基因，约30%基因（2073个基因）已被功能分类
基因大小的均值是6.4kb
第1染色体是富G+C含量的染色体，特别是在编码区，具有几个分散或串联重复序列基因簇分布的特征
第4染色体的预测长度达36.8Mb
已经以99.99%的精度完成了大约34.6Mb的测序工作
着丝点是序列的植物中最长的，达1.16Mb
共预测到4658个基因和70个tRNA编码基因，其中，1681个基因与EST相匹配
35%的基因功能已被分类
G C含量达44.16%
转座子明显偏向常染色质域
水稻第4染色体序列与拟南芥基因组几乎没有共线性等特征
第10染色体的预测长度达23.7Mb
已经以99.99%的精度完成了大约22422563bp的测序工作，短臂和长臂分别为7.6Mb和14.8Mb
共预测到3471个基因和67个tRNA编码基因，其中，8.3%基因与EST相匹配
51.4%基因的功能已被分类
G C含量达43.5%
这些序列贮存在美国的DNA公共数据库中（GenBank），记录代码为AE016959
水稻基因组的成功测序是继完成人类基因组测序后的又一巨大成功
它必将成为禾谷类作物基因组研究的里程碑
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