吉林大学学报（理学版）影响因子据2008年—2013年中国科学技术信息研究所的《中国科技期刊引证报告（核心版）》显示，《吉林大学学报（理学版）》影响因子2007年为0.550、2008为0.376、2009为0.401、2010为0.492、2011为0.368、2012为0.342
据2019年2月22日中国知网显示，《吉林大学学报（理学版）》总被下载601641次、总被引25862次、（2018版）复合影响因子为0.599、（2018版）综合影响因子为0.450
据2019年2月22日万方数据知识服务平台显示，《吉林大学学报（理学版）》被引量为14248、下载量为93771；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）来源数据显示，该刊影响因子为0.46，在全部统计源期刊（6735种）中排第3122名、在大学学报（自然科学）（269种）中排第92名
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