钱穆留滞东南抗战胜利后，北大奉命将于民国三十五年（1946年）暑假后在北平复校

当时傅斯年暂代北京大学校长

 出于傅斯年和钱穆早年的矛盾，当时不在昆明的以往北大的同事都收到了邀请他们回转北平的信函，但钱穆却不在其列

钱穆出于北方国共政局纠纷复杂、学校师生风潮涌动等考量，决心继续在南方闭门著述

 民国三十五年（1946年）夏，于乃义想要筹建私立五华学院，通过李埏敦请钱穆赴昆明讲学

云南大学文史系主任方国瑜听说后也托李埏敦请

最后，决定由两校合聘

 此时，接受聘约的钱穆临时接受了上海市教育局举办的“中学教师暑期讲习会”之聘，担任史地组专家；而对暨南大学等校的诚邀则一概加以拒绝

 11月26日，钱穆乘坐中央班机，由汉口转昆明，受到五华学院筹备委员周介清、方国瑜、李季邺、李幼舟、于乃义等各部门人员与五华中学及教育学术界人士等数十人的迎接

 到校后，钱穆担任文科研究所所长兼文史研究会导师

随后文史研究会改为讲习会，并改进讲演方式，请各教授作专书或学术系统之讲授

 11月至次年1月，总共23次讲演，计有4位主讲人

其中钱穆7次：均为中国先秦思想史 

在五华学院讲课的钱穆同时还兼任文史学系教授于云南大学

  民国三十六年（1947年），因为身体原因，钱穆不得已接受了无锡荣氏家族创办的私立江南大学代表荣德生的邀请，于11月正式转赴该校担任文学院院长兼历史系主任，教授《中国通史》课

 此任教期间，钱穆著成《湖上闲思录》、《庄子纂笺》、《中国历史新编》、《孟子研究》、《中国人之宗教社会及人生观》等书

 民国三十七年（1948年）3月后，江南大学定于每周一上午十时至十二时在礼堂开办学术讲演周会，钱穆专讲述《中国文化之精神》

4月，中央研究院第一次院士选举，选出的八十一人中没有钱穆

严耕望认为，这主要由于钱穆与新考证派巨子之间关系不和谐所致

抗战前后，中国史学界以史语所为代表之新考证派声势最盛，无疑为史学主流

因为钱穆民族文化意识特强，在意境与方法上日渐强调通识，认为考证问题亦当以通识为依归，故与新考证派分道扬镳

 同年秋，钱穆任无锡江南大学文学院院长兼历史系主任一职，课余时间撰写《湖上闲思录》

当时新任苏州城防司令孙鼎宸（王耀武舅子）仰慕其名声，数次访问钱穆

 1949年4月，广州私立华侨大学校长王淑陶来信邀请钱穆前往任教，钱穆决意前往

虽然受到多方挽留，但由于对新生政权的不信任，以及被毛泽东视作被蒋介石控制的知识分子等原因，钱穆最终还是选择与江南大学同仁唐君毅从无锡南下广州

春假时，离开家人独身前往广州，曾以家事相托孙鼎宸

10月，钱穆随华侨大学再迁香港，出任香港亚洲文商学院院长

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