吴南轩整顿学校稍事安顿后，吴南轩即着手整顿教师阵容，添置仪器

为筹办学经费，亲自到市区借钱或募捐，沿途不无省吃俭用，曾因饮食不洁而染上了伤寒，所幸医治及时而得以痊愈

1938年2月，复旦在重庆复课，师生精神振奋，教学认真，生活俭朴，颇有一番新兴气象

同时，复旦与大夏之“临时联合”正式宣告解体

该年复旦大学重庆部有60多名毕业生

1938年秋，复旦渝校陆续增设史地系、数理系、统计系、农垦专修科、园艺系、农场、茶叶组、农艺系等

在复旦由私立改国立的过程中，吴南轩是绝对的主角

1938年4月，吴因经费困难，第一次向时任复旦大学校长的李登辉提出改私立为国立的想法，但李校长以 “政治影响，易长纠纷”为由否决了；1939年3月17日吴再次提起国立之事，最终以教育部增加补助费15万元而再次将国立案搁置；1941年9月17 日，吴南轩第三次谋改国立，并通过邀集在渝校董开会，造成既成事实

1941年11月，复旦大学的由私立改国立案终获通过，吴南轩也由代理校长转为正式校长

吴南轩于1943年2月调离复旦，在复旦供职6年，在任时正值抗战、备尝迁徙办学之苦的最艰难时期

1975年5月，在台湾的复旦校友举行母校建校70周年纪念活动时，吴南轩专门写了一篇题为《七十年来复旦立校特出的传统精神》的文章，从四个方面，论述复旦的传统精神，即由无变有的精神，向前开路的精神，国家至上民族至上的精神和牺牲小我成全大我的精神

在吴南轩的眼里，复旦精神是一种坚韧不拔的创造精神，一种图存图强、精忠报国的爱国精神

客观地说，吴南轩在复旦任职期间，还是有不少政治色彩的存在，唯国民党指令马首是瞻的行为时有出现，比如1936年未能很好的保护请愿的复旦爱国学生，导致请愿学生被杀害；后来的复旦由私立改国立这件事，他未尝未受到国民政府的指使，也因为这些事，吴南轩在复旦的名望远不如前任校长李登辉来得高

但在回顾复旦的发展史时，吴南轩为复旦的发展所做的贡献还是得到了该校的肯定，在复旦的校史里，对他所做的努力都予以了正面的记录

复旦西南角的燕园里，有一别墅名为“南轩”，既是因为此轩在校南，也是吴南轩之后的继任校长章益为纪念吴南轩而命名的双关之名，此名一直沿用之今

现该处所一部分用作新闻馆，一部分用作经济研究所

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