杨嗣复遭到打击开成五年（840）正月，文宗去世，杨嗣复失去靠山

此前，文宗指定敬宗之子陈王李成美为皇太子，结果神策中尉仇士良违抗遗诏拥立唐武宗

武宗即位并非宰相本意，武宗也因此薄待执政大臣

当年秋天，李德裕从淮南节度使之位被征召入朝辅政

九月，杨嗣复被调出朝廷担任湖南观察使

第二年，武宗诛杀枢密薛季棱、刘弘逸

宦官上言：“薛、刘二人党附杨嗣复、李珏，对陛下图谋不轨

”武宗性急，立刻命令宦官去往湖南、桂管两地诛杀杨嗣复和李珏

宰相李德裕、崔郸、崔珙立马请求开延英殿，并极言本朝旧事，称大臣如果不是作恶显著，不能加以诛杀，请求皇上三思

武宗思考了很久，动容道：“朕即位之际，宰相哪曾同心协力

李珏、薛季棱志在扶立陈王，杨嗣复、刘弘逸志在拥立安王（李溶，穆宗第八子）

立陈王还可以说是文宗遗诏，杨嗣复拥立安王，完全是秉承杨妃的旨意

杨嗣复还给杨妃写信说：’姑姑为何不学武则天临朝称制？‘”崔珙等人说：“这件事情不明，真假难辨

”武宗说：“杨妃曾得病卧床，她的弟弟杨玄思，曾得到文宗命令进入宫内侍疾一月有余，就是趁此时传达旨意

朕详细问了宫里的人，情状明白，但我不愿意宣示出来

假如安王得志，我哪里能有今天？”说完以后，武宗神色凄然，过了很久补充道：“但看在你们的面子上饶恕他

”于是追还派到湖南、桂管的两名中使，再把杨嗣复贬为潮州刺史

唐宣宗即位，起用杨嗣复为江州刺史，后征为吏部尚书

杨嗣复大中二年（848）从潮阳还朝，到了岳州得病，第二天就去世了，时年66岁

朝廷追赠杨嗣复为左仆射，谥号孝穆

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