卓秉恬研究江防海防道光二十三年三月(1843.4)，他参与研究江防海防要务，对鸦片战争后，清廷必须加强防务，警惕英国侵略者再次冒险有一定认识

他认为:拟定海防江防条例极为重要

但更为重要的是"将士用命"和"慎选文武"，而将士是否用命，"全恃平日恩威，见敌如何决机，尤在临时措置

如果随机应变，协力同心，则自海人江，层层门户，不难制其死命"

"慎选文武"，是稳定地方，安定军心民心的"第一要务"，应认真办理

清廷接受了他的建议

川、陕、鄂三省交界的老林山区，是嘉庆以来白莲教起义和各种形式反清斗争的根据地

卓秉恬对这一地区作了详细考察后上疏说"其地辽阔而跷瘠，役、粮极微

江、广、黔、楚、川、陕无业之民，给地主钱数千，即可租种数沟数岭，侨寓其中，岁薄不收则徙去，谓之棚民

所聚既多，良莞莫辨，遇旱涝时，佣作元资，一二奸民为之倡，蚁附蜂起

该州县以地方辽阔，莫可追捕，互相隐讳，追酿成大案......事已无济

且事连三省大吏，咨商往返州县奉文办理，恒在数月之后"，无法得到及时镇压

他认为，"与其即一隅而专谋之，何如合三省而共议之"，还建议"于扼要之地，专设大员，控制见在陕西之陕安道、四川之川东道、湖北之安襄邸荆道

"同时由三省督抚会商，统筹老林山区的防务

这一提议，得到清廷认可和三省督抚的一致赞同，充分反映了卓秉恬为维护封建统治、出谋划策镇压巴山老林白莲教起义的险恶用心

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