吴妍华争议事件于其校长任内，因曾脱口说出“我们阳明”、“你们交大”而引起哗然
2014年4月10日，太阳花学运后，吴妍华向太阳花学运执勤的员警道歉，并说“我们没有把学生教好”、“沉默的大众不代表没有意见”，此番言论引起部分交大师生及校友不满及炮轰吴妍华向权力当局献媚
随后在4月11日，透过交大官网发表“妍华致全校教职员工生信函”，对于为何向警方道歉做完整说明
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