燕京大学合并建国前， 中国共有13所基督教教会大学，分别是：齐鲁大学、东吴大学、圣约翰大学、之江大学、华西协合大学、华中大学、金陵大学、福建协和大学、华南女子文理学院、金陵女子文理学院、沪江大学、岭南大学等

前身是美英两国教会在北京创办的三所教会学校：1、汇文大学（Peking University）：1889年由美国美以美会创办，初名崇内怀理书院，校长刘海澜博士（Hiram Harrison Lowry)

位于崇文门船板胡同（今汇文中学）

2、华北协和女子大学(The North China Union College for Women)：1864年创办，初名贝满女塾，位于灯市口东口的佟府夹道胡同（后改办贝满女中）

3、通州协和大学（North China Union College）：1867年创办，初名公理会潞河书院

谢卫楼(Davelle Sheffield)任校长

1916年美国美以美会、公理会、美北长老会，英国伦敦会将三所教会学校合并，初名北京大学，司徒雷登任校长

1921年在北京西郊购买前清亲王赐园，聘建筑设计师墨菲进行总体规划，建造了近代中国规模最大、质量最高、环境最优美的一所校园

1926年正式迁址

太平洋战争爆发后，日军封闭学校

1942年四川省成都市办起燕京大学临时学校，孔祥熙任校长，梅贻宝任代理校长

1945年学校在北平原址复校开课

1946年成都临时学校师生发回，开办工学院

1951年学校改为国立

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