北京大学学报（自然科学版）办刊历史1954年11月3日，经北京大学校务委员会讨论通过《关于出版〈北京大学学报（自然科学版）〉的决定》
1955年12月，《北京大学学报（自然科学版）》正式创刊
1966年，因“文化大革命”，《北京大学学报（自然科学版）》在下半年停刊
1973年，在停刊7年之后，《北京大学学报（自然科学版）》以试刊的形式出版了1期
1974年至1975年，《北京大学学报（自然科学版）》与《清华大学学报》合并，以《清华大学学报》的名义连续出版了7期
1976年，《北京大学学报（自然科学版）》再度停刊
1977年，《北京大学学报（自然科学版）》正式复刊
1982年，《北京大学学报（自然科学版）》由季刊变更为双月刊
1987年，《北京大学学报（自然科学版）》开始对文章进行分学科刊登，即135期主要刊登数学物理学、电子学和信息科学类文章，246期主要刊登化学生物学地质地理学环境科学类的文章
2014年12月，该刊成为中国国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊
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