高等学校创新能力提升计划绩效评价经批准认定的“2011协同创新中心”应进一步完善组织管理机制，落实相关条件，整合多方资源，优化规章制度和运行管理办法，强化责任意识，加强过程管理，加快实现预期目标
教育部、财政部建立绩效评价机制，按照协同创新中心确定的任务与规划，加强目标管理和阶段性评估
对于执行效果不佳或无法实现预期目标的“2011协同创新中心”，要及时整改或予以裁撤
2018年，为深入了解协同创新中心运行状态和协同绩效，及时总结建设运行经验和问题，进一步推动和引导高校协同创新中心建设运行工作，教育部、财政部共同委托第三方机构组织专家完成38个国家级协同创新中心的评估工作
参加评估的专家普遍认为，协同创新中心建设、运行情况总体较好
各协同创新中心在服务国家、行业以及区域的重大需求、推进体制机制改革等方面各具特色
协同创新中心通过一个周期的建设，有效集聚创新要素和资源，体制机制改革富有成效，产出一批标志性成果，牵头高校创新能力得到大力提升，服务经济社会发展贡献显现
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