中国神经科学学会机构设置最高权力机构学会的组织原则是民主集中制

领导机构的产生和重大事项的决策，均应经过集体讨论，并按少数服从多数的原则作出决定

学会的最高权力机构是会员代表大会

代表名额分配及特邀代表名单由上届常务理事会决定

会员代表大会的职权是：（一）制定和修改学会章程；（二）决定学会的工作方针、任务；（三）选举和罢免理事和监事；（四）审议理事会的工作报告和财务报告；（五）制定和修改会费标准；（六）决定终止事宜；（七）决定其他重大事宜

会员代表大会须有2/3以上的会员代表出席方能召开，其决议须经到会会员代表半数以上表决通过方能生效

会员代表大会每届任期4年，每4年召开一次

因特殊情况需提前或延期换届的，须由理事会表决通过，报业务主管单位审查并经社团登记管理机关批准

延期换届最长不超过1年

 执行机构理事会是会员代表大会的执行机构，在会员代表大会闭会期间领导学会开展日常工作，对会员代表大会负责

理事会的职权是：（一）执行会员代表大会决议；（二）选举和罢免常务理事、理事长、副理事长，聘任和解聘秘书长；（三）筹备和召开会员代表大会；（四）向会员代表大会报告工作和财务状况；（五）决定会员的吸收和除名；（六）决定办事机构、分支机构、代表机构和实体机构的设立、变更和终止；（七）决定副秘书长、各机构主要负责人的聘任；（八）领导学会各机构开展工作；（九）制定内部管理制度；（十）审议年度工作报告和工作计划，审议年度财务预算和决算；（十一）决定提交会员代表大会审议的议案；（十二）决定荣誉会员的人选；（十三）决定其他重要事项

理事会须有2/3以上理事出席方能召开，其决议须经到会理事2/3以上表决通过方能生效

理事会每年至少召开1次会议，情况特殊的，可采用通讯形式召开

学会设立常务理事会

常务理事会由理事会选举产生，人数不超过理事会人数的1/3

在理事会闭会期间行使第十九条第一、三、五、六、七、八、九、十、十一项的职权，对理事会负责

常务理事会与理事会任期相同，与理事会同时换届

常务理事会须有2/3以上常务理事出席方能召开，其决议须经到会常务理事2/3以上表决通过方能生效

常务理事会至少每半年开1次会议，情况特殊的可采用通讯形式召开

 组织机构据2023年4月学会官网显示，中国神经科学学会下设8个工作委员会、27个专业分会

 工作委员会（8个）组织工作委员会学术工作委员会青年工作委员会科普与继续教育工作委员会国际交流工作委员会奖励工作委员会科技协作创新工作委员会对外联系宣传工作委员会――专业分会（27个）儿童认知与脑功能障碍分会感觉和运动分会计算神经科学和神经工程分会精神病学基础与临床分会离子通道与受体分会麻醉与脑功能分会认知神经生物学分会神经病学基础与临床分会神经毒素分会神经发育与再生分会神经干细胞和组织工程分会神经胶质细胞分会神经科学研究技术分会神经内稳态和内分泌分会神经损伤与修复分会神经退行性疾病分会神经外科学基础与临床分会神经影像学分会神经肿瘤分会突触与神经可塑性分会学习记忆基础与临床分会意识与意识障碍分会应激神经生物学分会类脑智能分会神经免疫学分会脑血管功能与疾病分会脑机接口与交互分会 

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