中国生理学会代表大会最高权力机构学会的最高权力机构是全国会员代表大会
全国会员代表大会的职权是：（一） 制定和修改学会章程；（二） 选举和罢免理事会；（三） 审议理事会的工作报告和财务报告；（四） 决定终止事宜；（五） 决定学会的工作方针、任务；（六） 通过提案；（七） 决定其他重大事宜
执行机构理事会在全国会员代表大会闭会期间领导和组织学会的日常工作，并对全国会员代表大会负责
理事会的职权是：（一） 执行全国会员代表大会的决议；（二） 选举产生和罢免常务理事、理事长、副理事长、秘书长；（三） 筹备召开全国会员代表大会；（四） 向全国会员代表大会报告工作和财务情况；（五） 决定会员的吸收和除名；（六） 决定学会机构的设置（办事机构、分支机构、派出机构）；（七） 决定副秘书长和各机构主要负责人的聘任；（八） 负责筹措学会的活动经费，领导学会各机构开展工作；（九） 制定学会的内部管理制度；（十） 决定学会的其他重大事项
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